Trong việc bệnh viện tiêm nhầm vắc xin bệnh sởi tại Quảng Trị khiến 3 trẻ tử vong tháng 7 năm 2013[13] và vụ bệnh viện thẩm mỹ phi tang xác nạn nhân, đã có ý kiến kêu gọi bà Tiến nên từ chức.[14]

Trong việc dư luận phê phán việc đưa phong bì và đút lót trong các bệnh viện, bà nói: "Cấm cán bộ y tế nhận phong bì, quà cáp trước và trong quá trình điều trị nhưng không cấm bác sĩ nhận quà sau điều trị, vì đó là tấm lòng của người bệnh..." và "Chụp ảnh bác sĩ nhận phong bì gửi cho tôi" và "Tôi đâu có cho phép nhận phong bì sau điều trị..."[15]

Trong diễn biến Dịch sởi Việt Nam 2014, cho rằng người đứng đầu Bộ Y tế phải chịu trách nhiệm vì sự bất lực của mình, một làn sóng chê trách bà Nguyễn Thị Kim Tiến và kêu gọi bà từ chức đã dấy lên trong dư luận. Trang Facebook có tên "Bộ trưởng Bộ Y tế hãy từ chức" kêu gọi các thành viên ký tên, chụp ảnh và biểu tình. Nhiều người nổi tiếng trong đó có nhạc sĩ Tuấn Khanh,[16][17] người dẫn chương trình Phan Anh[18], đại biểu quốc hội Nguyễn Minh Thuyết[19] đã lên tiếng kêu gọi bà Kim Tiến từ chức. Nhưng bà Tiến đã nói: "Tôi không nghĩ đến từ chức ngay".[20]

Ngày 24 tháng 8 năm 2017, bà Kim Tiến có bài viết "Áo blouse nhuốm máu" đăng trên báo VnExpress và đưa ra yêu cầu: "Với tư cách là một thầy thuốc, tôi cho rằng đã đến lúc những hành vi côn đồ hành hung thầy thuốc cần phải được xử lý như những hành vi chống đối người thi hành công vụ."[21][22][23]